Слово теократия происходит от греческого θεοκρατία, означающего «правление Бога». Оно происходит от слов θεός (Теос), что означает «бог», и κρατέω (кратео), что означает «правило». Таким образом, это слово с греческого означает «правление бога(ов)».
Термин был первоначально придуман Флавием Иосифом в первом веке нашей эры, чтобы описать характерную форму правления евреев. Иосиф Флавий утверждал, что, хотя человечество разработало много форм правления, большинство из них можно отнести к следующим трем типам: монархия, олигархия и демократия. Форма правления евреев, однако, была уникальной. Иосиф Флавий предложил термин «теократия», чтобы описать государство, установленное Моисеем, в котором Бог суверенен, а его слово — закон
Теократия была основой правления многих развитых государств древности. Так, все древние фараоны Египта были жрецами и провозглашали себя богами или сыновьями богов, в древней Греции решения нередко принимались на основе прорицаний оракулов (особых предметов, явления в которых разъяснялись специальными толкователями — жрецами или жрицами) и к оракулам правящие круги посылали специальные посольства (теории), а также на основе гаданий и прорицаний собственных пророков. Элементы теократии имелись и в более поздние времена — в Средние века и в новое время, когда методом разрешения споров избирались рыцарские поединки и дуэли (иногда это принимало формы игры, например, в кости или карты), или же просто бросание жребия — считалось, что на стороне победителя сам Бог, то есть его победа служит всеобщему благу. Существование теократий в древности не является, однако, доказательством их необходимости или пользы для современного общества. Напротив, современное понимание теократии исходит из того, что такая форма правления противоречит принципам религиозного плюрализма, демократии и моральным принципам современного общества.
В Христианстве теократической формой отношений между церковью и обществом является папоцезаризм, при которой духовное лицо, первый церковный иерарх (чаще всего Папа Римский), сосредоточило в своих руках как светскую, так и духовную власть. Период с XI по XIV век является периодом высшего развития папоцезаризма на Западе, в Католической церкви. Именно в этот период человеческой истории возникли теократические учения Ф.Аквинского и А. Блаженного.